ATENÇÃO: Contém não só spoilers como a história toda.

O Background inicial
Raccoon City é uma cidade do meio-oeste norte-americano.
O RPD é o departamento de polícia da cidade e tem um grupo de elite chamado S.T.A.R.S.  Este grupo é dividido em Alpha Team e Bravo Team.
A cidade é dominada por uma gigante farmacêutica chamada Umbrella Inc., que emprega boa parte dos cidadãos.

O início da história
Em Julho de 1998 o Alpha Team, liderado pelo Capitão Albert Wesker, foi atender uma ocorrência na Floresta Arklay - região de Raccoon City -  onde algumas horas atrás o helicóptero do Bravo Team, liderado pelo Capitão Enrico Marini, havia desaparecido. O Alpha Team foi atacado por cachorros violentos após descer do helicóptero e encontrar os restos do acidente com o Bravo Team. Em fuga, eles entraram em uma mansão da região.

O desenrolar dos acontecimentos
Entram na mansão Wesker, Barry, Chris e Jill.
Dentro da mansão, os membros do Alpha Team se separam e alguns encontram membros do Bravo Team. Tanto mortos quanto vivos.
Chris encontra Rebecca, do Bravo Team, que se junta a ele. Jill permanece com Barry. Wesker desaparece.
Após algumas horas dentro da mansão, descobre-se que aquilo ali é, na verdade, um laboratório escondido da Umbrella e que esta empresa faz pesquisas de armas biológicas [BOW - Bio Organic Weapon]. Mais adiante, descobre-se que Wesker está trabalhando para a Umbrella. E mais: Ele convenceu Barry a ajudá-lo nisso.

O Plano de Wesker
A ideia de Wesker - e da Umbrella - era atrair os STARS para aquela mansão, com o objetivo de testar as BOWs criadas por eles e coletar estes dados de batalha. Além de tudo isso, Wesker tinha seus próprios planos.
Após muitas batalhas contra as BOWs, Wesker encontra com Chris e Rebecca na porta do laboratório, onde atira nela e entra com Chris. Lá dentro, ele apresenta - com orgulho - sua mais nova criação: Tyrant! Chris ri dos planos e Wesker libera o Tyrant do sono criogênico. Imediatamente a criatura salta do tubo de vidro e atinge Wesker com suas garras, perfurando-o.
[Aqui cabe uma divisão de história]
No mesmo tempo de cena - na história da Jill - ela, Wesker e Barry se encontram na entrada do laboratório. Wesker conta com satisfação como convenceu Barry a ajudá-lo. Barry aponta a arma pra Jill e depois sai de cena, para resolver algumas coisas para o Wesker. Os dois entram no laboratório onde, depois, Barry reaparece arrependido.
Após o Tyrant atacar Wesker, os STARS derrotam a criatura no laboratório e sobem para o heliporto para fugirem dali.
Quando Brad [piloto do Alpha Team] tenta pousar, o Tyrant ressurge e ataca-os. Após nova batalha, o Tyrant é morto por um lança-foguetes. Então Brad desce e resgata os membros sobreviventes.

O final
Sobreviveram ao que ficou conhecido como "O Incidente da Mansão": O piloto Brad Vickers, os membros do Alpha Team Barry Burton, Chris Redfield  e Jill Valentine e a remanescente do Bravo Team Rebecca Chambers.